几段《漫威蜘蛛侠2》的故事剧透在网上泄露开来，其中包括了游戏主要故事情节、反派和最终结局等内容，但由于泄露来源自4chan论坛的一位匿名用户，所以真实性无法确定。

根据网传信息，彼得在早期感染了共生体，使他获得了经典的共生体战衣，并使用由此产生的新力量击败他的前警察盟友变成了义警杀手渡边由里。而诺曼·奥斯本开始担心蜘蛛侠的新能力，于是雇佣克莱文去抓捕他。经过几场战斗，彼得最终摆脱了共生体，随后共生体感染了漫画中最初的“毒液”艾迪·布洛克。

艾迪·布洛克将成为《漫威蜘蛛侠2》中的可玩角色，类似于玛丽·简在初代《漫威蜘蛛侠》中那样。在艾迪·布洛克成为毒液之后，他与克莱文联手向彼得复仇，但最终毒液杀了克莱文，并绑架了玛丽·简，迫使彼得和迈尔斯前去营救。而在此期间，诺曼·奥斯本将哈利变成了绿魔，所以故事变成了两位蜘蛛侠、绿魔、毒液的大混战。