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作为东京峰会召开地的东京湾新设施 Edge of Ocean(大洋边缘) 在峰会召开的 5 月 1 日有约 2 万名警察出动的这一超巨大设施, 发生了大规模爆炸案! 在那里出现了从属于指挥全国公安警察俗称为零的警察厅秘密组织的安室透的身影

根据现场留下的作为证据的指纹, 犯人被断定为曾在警视厅就职的毛利小五郎! 与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对的柯南听说了过去安室曾将嫌疑人逼至自杀的奇妙案件随后在决定起诉小五郎的那时, 在戒备森严的东京都内, 同时爆发了多起难以理解的恐袭柯南和公安警察正接近着隐藏在案件后的阴谋, 峰会召开那天也被确定是大型无人探测器天鹅完成在火星的任务返回地球的日子究竟, 迫近的 X 日会发生什么? 神秘的存在安室透, 究竟是敌人, 还是伙伴?